ペパデザで六角形がずれる謎が皆さんのお陰で解決です!
結論を言うと
多角形のパーツのX軸とY軸を同じにしていたのが問題だったんです。
ソフトに依存した問題ではなく、根本的な問題だったんですね(苦笑
説明すると、六角形パーツの枠の縦横サイズを同じにして、その正方形の中いっぱいに円を書きます。
本来、正多角形は円の内部に納まるのでその分の長さが歪んでるというわけですね。

で回避方ですが、正四角形の内部に円は4箇所交わる箇所があるので、4の倍数の角数(8角形や12角形)でパーツを作ります。
そしたらそのパーツの角数を減らせばOKです。
これは非常に役に立ちました!
ありがとうございました。
※前回のコメントの返信で12角形は厳密には歪むと書きましたが、実際は12角形は歪まないですね。(ですか?)
多角形は同心円上に頂点がくるんです。
ちなみに私は円柱の表現を24分割で書いてます。
これ、蓋の部分は円に近い24角形ですが、なんかガクガクしてますよ?(笑)
あとこれの一方を小さくしてマルイチモールドとか作るんですけど、そうするとフタは大丈夫ですが側面部分のほうが以前書いたように小判型に展開されますよ?
これはなんでしょうね?
やはり元が歪んでるんでしょうか・・